Ovenstående tabel er fra seneste jagttidsrevisionsrapport med arten.
Stor skallesluger forekommer i Danmark hele året, både som ynglende, trækkende, og overvintrende. Den danske ynglebestand tæller 134 par, og ynglebestanden er stigende både i antal og geografisk udbredelse (Fredshavn m.fl. 2019a). Flywaybestanden af stor skallesluger omfatter 177.000-277.000 individer, og bestanden betegnes som værende stabil over perioden 2009-2018 (Nagy & Langendoen 2018, 2020).
Bestanden i Danmark uden for yngletiden består af hhv. trækkende og overvintrende fugle og anslås at være på godt 16.000 overvintrende individer (Nielsen m.fl. 2019). Arten forekommer om vinteren både i søer, nor og på havet. De fleste store skalleslugere, der befinder sig på havet, opholder sig ved beskyttede kyststrækninger, men arten forekommer også fåtalligt længere til havs. Stor skallesluger forekommer hyppigst om vinteren i det sydlige og østlige Danmark, i Isefjorden, Roskilde Fjord, Arresø, Limfjorden og de vestjyske fjorde. Overvintrende stor skallesluger stammer fortrinsvis fra yngleområder i Skandinavien og Rusland (Bønløkke m.fl. 2006). Klimaforandringer gør, at arten har flyttet sit overvintringsområde imod nordøst (Lehikoinen m.fl. 2013), hvor der for perioden 1980-2010 er registreret et faldende antal overvintrende fugle i Holland, Tyskland, Danmark og det sydlige Sverige og stærkt stigende andele nordligere i Sverige og i Finland. Vinterbestanden i Danmark beskrives som værende stabil, både over det lange (1980-2018) og det korte (2007-2018) tidsinterval (Fredshavn m.fl. 2019a, Fig. 3.2.7.1A). Sidstnævnte vurdering er i modstrid med resultaterne fra Lehikoinen m.fl. (2013).
Stor skallesluger har været jagtfredet i Danmark siden 2014. Op til det tidspunkt gjaldt en geografisk defineret fredning, hvor arten ikke var jagtbar syd for en øst-vestgående linje igennem Odense (55°40’N) og i 21 kommuner syd for denne linje.
Op til tidspunktet for jagtfredningen blev der nedlagt relativt få stor skallesluger i Danmark, 1.176 i sæsonen 2012-2013 og 952 i sæsonen 2013-2014. Arten blev nedlagt i tre EU-lande: Finland, Sverige og Danmark. Det samlede rapporterede udbytte for EU-lande vurderes at være 5.000 individer per år, beregnet som gennemsnittet over årene 2012-2017.
Jagtudbyttet er faldet med 2,5 % per år fra 1995 til 2013, hvor arten blev totalfredet (Fig. 3.2.7.1B).
Jagtudbyttet af stor skallesluger var meget lavt i oktober og november, hvor ca. 15 % af det årlige udbytte blev nedlagt, beregnet over perioden 1994-2013. Der blev nedlagt flest i januar måned, hvor over 50 % af udbyttet blev skudt (Fig. 3.2.7.2).
Stor Skallesluger er listet som Livskraftig (LC) på både den globale og den europæiske rødliste. I Danmark er arten rødlistet som Sårbar (VU) for så vidt angår ynglefuglene, mens den er klassificeret som Livskraftig (LC) for de ikke-ynglende dele af bestanden. Bestanden er desuden listet under AEWA-konventionen, klassificeret som C1.
Bestanden af stor skallesluger kan påvirkes af menneskelige aktiviteter, og den kan påvirkes af bifangster i fiskeredskaber (Zydelis m.fl. 2009). Stor skallesluger er huleruger og yngler ofte i kystnære træer. Det intensive danske skovbrug levner få muligheder for hule træer til formålet, og de fleste danske ynglefugle yngler derfor i redekasser, opsat til formålet.
For at beskytte danske ynglefugle mod jagtlig udnyttelse var arten indtil 2013 fredet i farvandene syd for linjen 55°40’N og i 21 kommuner syd herfor. Denne sær-fredning, der omfattede både stor og toppet skallesluger, vurderedes som effektiv i forhold til at begrænse utilsigtet nedlæggelse af danske ynglefugle, som kan opholde sig tæt på ynglelokaliteterne året rundt (Bønløkke m.fl. 2006).
Det danske jagtudbytte af stor skallesluger i størrelsesordenen ca. 1200 skønnes ikke at have nævneværdig effekt på flywaybestanden. Opsøgende jagt på arten kan have en forstyrrelsesmæssig påvirkning. Om påvirkningen kan have effekt på arten på flywayniveau er meget vanskeligt at kvantificere, men den skønnes at være ubetydelig. Arten jages imidlertid i mindre grad ved opsøgende jagt, og forstyrrelsesniveauet vurderes derfor at være lavere end for f.eks. toppet skallesluger.
Der vil være mulighed for forveksling imellem arterne stor og toppet skallesluger i tilfælde af genindførelse af jagttid på arten.
En eventuel jagt på stor skallesluger kan have indflydelse på danske ynglefugle, der er klassificeret som Sår-bar (VU) på den danske rødliste. I tilfælde af genindførelse af jagt på arten vil det være vigtigt at opretholde fredningen syd for 55°40’N.