Stor skallesluger har været jagtfredet i Danmark siden 2014. Op til det tidspunkt gjaldt en geografisk defineret fredning, hvor arten ikke var jagtbar syd for en øst-vestgående linje igennem Odense (55°40’N) og i 21 kommuner syd for denne linje.

Op til tidspunktet for jagtfredningen blev der de fleste år nedlagt under 1.000 store skallesluger i Danmark, og i de sidste to sæsoner var jagtudbyttet hhv. 1.176 (2012/13) og 952 (2013/14). Det samlede rapporterede udbytte for EU-lande vurderes at være 5.000 individer pr. år, beregnet som gennemsnittet over årene 2012-2017. Arten blev nedlagt i tre EU-lande: Finland, Sverige og Danmark. Jagtudbyttet i Danmark faldt med 2,5 % pr. år fra 1995 til 2013, hvorefter arten blev totalfredet. 

Figurer og tekst omhandlende størrelsen af det årlige jagtudbytte samt udbyttets geografiske og tidsmæssige fordeling kan ses i den seneste jagttidsrevisionsrapport (Madsen m.fl. 2021).
 

Stor skallesluger er listet som Livskraftig (LC) på både den globale og den europæiske rødliste (IUCN 2025). I Danmark er arten rødlistet som Sårbar (VU) for så vidt angår ynglefuglene, mens den er klassificeret som Livskraftig (LC) for trækbestanden (Moeslund m.fl. 2023). Bestanden er under Vandfugleaftalen klassificeret i kategorien C1 (AEWA 2023) og dermed umiddelbart jagtbar. Her er dog forslag om oplistning til kategorien B2e med henvisning til den aktuelt faldende bestand (Wetlands International 2025b). Selv hvis denne listning vedtages vil der være mulighed for jagt på arten, men det skal sikres, at jagten udøves bæredygtigt. 

Bestanden af stor skallesluger kan påvirkes af menneskelige aktiviteter. Den kan påvirkes af bifangster i fiskeredskaber (Zydelis m.fl. 2009). Stor skallesluger er huleruger, og yngler ofte i kystnære træer. Det intensive danske skovbrug levner få hule træer med redemuligheder for arten, og de fleste danske ynglefugle yngler derfor i redekasser.

For at beskytte danske ynglefugle mod jagtlig udnyttelse var arten, sammen med toppet skallesluger, som den kan forveksles med under jagt, indtil 2013 fredet i farvandene syd for linjen 55°40’N og i 21 kommuner syd herfor. Denne særfredning, der omfattede både stor og toppet skallesluger, vurderedes som effektiv i forhold til at begrænse utilsigtet nedlæggelse af danske ynglefugle, som kan opholde sig tæt på ynglelokaliteterne året rundt (Bønløkke m.fl. 2006).
 

Et jagtudbytte af stor skallesluger i samme størrelsesorden som i de seneste sæsoner med jagt på arten (ca. 1.000) skønnes ikke at have nævneværdig effekt på flywaybestanden. I forhold til antallet af overvintrende store skalleslugere i Danmark, kan det dog ikke afvises, at et jagtudbytte af denne størrelse kan bidrage til tilbagegang i den danske vinterbestand. Opsøgende jagt på arten kan have en forstyrrelsesmæssig påvirkning. Om påvirkningen kan have effekt på arten på flywayniveau er meget vanskeligt at kvantificere, men skønnes at være ubetydelig. Der vil være mulighed for forveksling imellem arterne stor og toppet skallesluger i tilfælde af genindførelse af jagttid på arten.

En eventuel jagt på stor skallesluger kan have indflydelse på danske ynglefugle. Den danske ynglebestand er relativt lille og derfor klassificeret som ’Sårbar’ (VU) på den danske rødliste. I tilfælde af genindførelse af jagt på arten vil det være vigtigt at opretholde fredningen syd for 55°40’N.