Ovenstående tabel er fra seneste jagttidsrevisionsrapport med arten.
Fiskehejren er en almindelig ynglefugl i Danmark. Overvintringsområdet for de danske fiskehejrer omfatter Danmark, Holland, Tyskland, Frankrig, Spanien og i enkelte tilfælde Nordafrika. Det er især ungfuglene, der trækker til Sydvesteuropa. En del voksne fiskehejrer overvintrer i Danmark (Bønløkke m.fl. 2006).
Fugle fra de norske og svenske ynglebestande passerer Danmark på træk eller overvintrer her (Bønløkke m.fl. 2006).
Den danske bestand har ikke været forsøgt opgjort siden 1993-1996. Ved den målrettede landsdækkende optælling i 1991 (Frederiksen 1992) og ved atlasundersøgelsen i 1993-1996 (Grell 1998) blev bestanden opgjort til knap 7.000 par. Ifølge DOF's punkttællingsprogram har ynglebestanden været stabil siden slutningen af 1980'erne, måske med en svag tendens til tilbagegang efter 2001. Ud over jagt har især forekomsten af kolde vintre haft betydning for udviklingen i bestanden.
Den vesteuropæiske bestand er senest blevet estimeret til 263.000-286.000 fugle (Wetlands International 2006), og bestanden er generelt i fremgang. Bestanden i det baltiske og nordiske område har været stabil i perioden 1990-2005, dog med udsving (Delany m.fl. 2008). De norske og svenske ynglebestande udgør sammenlagt 10.000-20.000 par (Birdlife International 2004), hvilket vurderes at svare til en efterårsbestand på 40.000- 70.000 fugle.
Jagttid
Fiskehejren blev fredet i 1982. Før da havde den jagttid fra 1.8. til 31.12. Arten må reguleres hele året i og ved dambrug, efter forudgående tilladelse fra Skov- og Naturstyrelsen.
Antal reguleret
Antallet af fiskehejrer nedlagt i forbindelse med regulering ved dambrug nåede ca. 2.200 hejrer i 1997, men siden da er det årlige antal nedlagte hejrer aftaget, især efter 2001. Aktuelt reguleres 500-750 fiskehejrer årligt.
Reguleringens indflydelse på bestanden
I Danmark og det øvrige Europa var fiskehejren i tilbagegang frem til begyndelsen af 1970'erne som følge af forfølgelse og jagt. Men efter 1970 blev beskyttelsen øget, og den europæiske bestand har siden da generelt været i markant fremgang. Ynglebestanden i Danmark gik frem fra slutningen af 1960'erne, og fra 1978 til 1991 steg bestanden fra ca. 2.700 par til 6.750 par. Frem til 1980 blev der årligt nedlagt 5.000-7.000 fiskehejrer. Den store bestandsstigning indtraf derfor først efter jagtfredningen i 1982, og det vurderes, at jagten frem til 1982 reducerede vækstraten i den danske ynglebestand.
Effekten af regulering af fiskehejre ved dambrug på de danske og gæstende bestande kan ikke vurderes. Den er dog formentlig begrænset.
Fiskehejre står ikke på EF-Fuglebeskyttelsesdirektivets Bilag II, og derfor kan den ikke gives en jagttid af EU's medlemsstater. Fiskehejre kan dog reguleres hele året i og ved dambrug efter forudgående tilladelse fra Miljøstyrelsen.