Spættet sæl er almindeligt forekommende i de fleste danske farvande med undtagelse af farvandene omkring Bornholm og Fyn, hvor den er en sjælden eller tilfældig gæst (Tougaard 2007). Den er afhængig af uforstyrrede landgangspladser, som den benytter året rundt til hvile. I majjuli føder hovedparten af de kønsmodne hunner en unge på land, som dier i ca. tre uger. Genetiske undersøgelser og satellitmærkninger tyder på, at spættet sæl er meget stedfast og primært holder sig til den lokalitet, hvor den er født. Parring og pelsskifte foregår i august, hvor den største andel af sælerne ligger på land. Man kender ikke så meget til udbredelsen i vandet, men satellitmærkninger har vist, at sælerne ved Rødsand syd for Lolland søger føde i en radius af ca. 50 km, mens sælerne ved Anholt søger føde i hele Kattegat, og sælerne i Vadehavet svømmer flere hundrede kilometer ud i Nordsøen for at finde føde (Dietz m.fl. 2003, Tougaard m.fl. 2006). Søndergaard m.fl. (1976) beskriver en stærkt indskrænket udbredelse fra 1890’erne til 1970’erne. Udbredelsen af spættet sæl i dag (Tougaard 2007) er stort set den samme som i 1970’erne, mens antallet af sæler på de enkelte lokaliteter er steget markant.
I henhold til ”Forvaltningsplanen for spættet sæl og gråsæl i Danmark” (Jepsen 2005) er Danmark inddelt i fem forvaltningsområder for spættet sæl. Disse områder er Vadehavet, Limfjorden, Kattegat N, Kattegat SV og Sydøstlige Danmark (Fig. 5.2.1). Genetiske undersøgelser har vist, at der ikke er den store forskel mellem de to forvaltningsområder i Kattegat, således at der er tale om fire adskilte populationer af spættet sæl i Danmark (Olsen m.fl., in press). Hvert af disse områder er underlagt forskellige fysiske og økologiske betingelser, der betyder en særlig tilpasning og bestandsudvikling.
Efter fredningen i 1977 voksede alle bestandene af spættet sæl med ca. 12% om året indtil 1988, hvor den første store epidemi med ”sælpest” (mobilivirusen Phocine Distemper Virus (PDV)) ramte de danske sæler og slog omkring 50% af dem ihjel. Fra 1989 til 2001 voksede bestanden med ca. 10% per år indtil den anden store epidemi med PDV ramte i 2002 med omtrent samme styrke som i 1988 (Härkönen m.fl. 2006, Thompson 2006). Dødeligheden under de to epidemier var uafhængig af lokaliteternes størrelse, og de døde sæler var i god ernæringsmæssig tilstand. Dette tyder på, at dødeligheden ikke var tæthedsafhængig (fx for mange på et sted eller dårlig foderstand), men derimod et spørgsmål om virussets tilstedeværelse og sælernes manglende immunitet over for PDV.
I 2007 var der en mindre epidemi forårsaget af en ukendt virus eller bakterie. I perioden fra 2002 til 2007 er antallet af sæler i de enkelte bestande vokset med 2-9%, hvilket kunne tyde på, at flere bestande er ved at nå deres bæreevne (Olsen m.fl., in press). For det samlede antal spættede sæler i Danmark (Fig. 5.2.2) kan man se et fald fra 1998 til 2004, mens den samlede bestand nåede et hidtidigt maksimum på 13.300 sæler i 2008.
