Spættet sæl er almindeligt forekommende i de fleste danske farvande med undtagelse af farvandene omkring Bornholm. Syd for Fyn og i Lillebælt er den spættede sæl ved at vende tilbage efter mere end 100 år (Galatius m.fl. 2024a) (Fig. 3.2.1.1). Den er afhængig af uforstyrrede landgangspladser, som den benytter året rundt til hvile, samt til reproduktion og pelsskifte. I maj-juli føder hovedparten af de kønsmodne hunner en unge på land, som dier i ca. tre uger. Genetiske undersøgelser og satellitmærkninger tyder på, at spættet sæl er meget stedfast og primært holder sig til den lokalitet, hvor den er født (Dietz m.fl. 2013, Olsen m.fl. 2014). Parring foregår når ungen er fravænnet efter 3-4 uger og pelsskifte foregår i august, hvor den største andel af sælerne ligger på land. Satellitmærkninger har vist, at de spættede sæler i den centrale del af Limfjorden har den mindste udbredelse, hvor mange sæler kun svømmer 10-20 km væk for at søge føde. I den vestlige Østersø søger de føde i en radius af ca. 50 km, mens sælerne i Kattegat udnytter et større område, og sæler fra Vadehavet og den vestligste Limfjord udnytter store dele af Nordsøen langs den jyske vestkyst (Dietz m.fl. 2003, Tougaard m.fl. 2008, Kyhn m.fl. 2024). I henhold til ”Forvaltningsplan for sæler” (Miljøstyrelsen 2020) er Danmark inddelt i fire forvaltningsområder for spættet sæl, som også er understøttet af genetiske forskelle (Olsen m.fl. 2014, Liu m.fl. 2022). Disse områder er Vadehavet, Limfjorden, Kattegat og den vestlige Østersø. Bortset fra Limfjordsbestanden, deles disse alle med nabolande og bør således forvaltes som selvstændige bestande, men i samarbejde med de relevante nabolande. Hvert af disse områder er underlagt forskellige fysiske og økologiske betingelser, der betyder en særlig tilpasning og bestandsudvikling. Efter fredningen i 1977 voksede alle bestandene af spættet sæl med ca. 12 % om året, hvilket antages at være tæt på den maksimale vækstrate for spættet sælbestande. I 1988 ramte den første store epidemi med ”sælpest” (morbillivirusen Phocine Distemper Virus (PDV)) de danske sæler og slog omkring 50 % af dem ihjel. Fra 1989 til 2001 voksede bestanden med ca. 10 % per år indtil den anden store epidemi med PDV ramte i 2002 med omtrent samme styrke som i 1988 (Härkönen m.fl. 2006).  

I 2007 var der en mindre dødelighed på et par tusinde spættede sæler formentligt forårsaget af en kombination af bakterier og opblomstring af toksiske alger (Mollerup m.fl. 2024). Desuden har der været dødelighed blandt spættede sæler forårsaget af influenza A virus; først i 2014, hvor nogle tusinde sæler døde i Kattegat og Vadehavet (Bodewes m.fl. 2015, Krog m.fl. 2015), og senest i 2023, hvor omkring 20-30 spættede sæler blev registreret døde i Aunø Fjord. 

Spættet sæl er den mest almindelige sælart i Danmark og har haft fremgang i alle områder i perioden 1979-2014. Siden 2014 er antallet af spættede sæler faldet i de store populationer i Vadehavet og Kattegat, mens antallet er stagneret i Limfjorden. Der er fortsat vækst i den vestlige Østersø (Fig. 3.2.1.2). Det samlede antal talte spættede sæler optalt på hvilepladserne i Danmark toppede i 2017 med 10.100, mens antallet i 2023 var faldet til 9.250 spættede sæler (8,5 % nedgang). Det skal bemærkes, at disse tal ikke er korrigeret for sæler, der er i vandet, da andelen af sæler i vandet ikke er pålideligt bestemt, men det formodes, at denne andel er konstant mellem årene og derfor ikke har betydning for tendensen i populationsstørrelserne. Tallene tyder på, at de spættede sæler i Danmark har nået den økologiske bæreevne i flere områder, eller at de presses af andre faktorer, som f.eks. forstyrrelser. Der er også eksempler på, at gråsæler slår de spættede sæler ihjel enten i forbindelse med, at unge hanner forsøger at parre sig med spættede sælhunner eller som fødeemne (van Neer m.fl. 2015).