Gråsælen blev udryddet som ynglende art i Danmark under dusørkampagnerne i perioden 1889-1927 (Olsen m.fl. 2018). Den har siden da og indtil omkring årtusindskiftet kun forekommet sporadisk på danske hvilepladser. Bestanden har dog været i fremgang i de seneste 20 år og forekommer nu regelmæssigt i Kattegat, Østersøen, den vestlige del af Limfjorden og i Vadehavet (Fig. 3.2.2.1). 

Gråsælen bevæger sig over meget større afstande end den spættede sæl, og forekomst af gråsæl på en lokalitet betyder derfor ikke, på samme måde som med spættet sæl, at den er knyttet til det område, hvor den observeres. I danske farvande forekommer gråsæler fra to adskilte populationer, én i Nordsøen, med udbredelse først og fremmest i Storbritannien og Vadehavet, og én i Østersøen, hvor den største tæthed findes i svenske, finske og estiske dele af den centrale Østersø (Härkönen m.fl. 2007). Satellitsporing såvel som genetik har vist, at gråsælerne i den danske del af Østersøen er en del af østersøbestanden, der deles med Sverige, Finland, Estland, Rusland, Polen og Tyskland (Dietz m.fl. 2003; 2015, Fietz m.fl. 2016). Gråsælerne i Kattegat kommer fra både Nordsøen og Østersøen 
(Fietz m.fl. 2016, Galatius m.fl. 2024b).

Systematisk overvågning af gråsælen i Danmark begyndte i 2011. Indtil da blev arten talt i forbindelse med overvågningen af spættet sæl, men denne overvågning lå uden for gråsælens yngle- og fældeperioder. Gråsælen blev fredet i 1967, men har fra fredningen og frem til omkring årtusindskiftet kun forekommet sporadisk i mindre antal (under 10 dyr) på enkelte danske lokaliteter såsom Rødsand, Anholt, Læsø og i Vadehavet. Antallet af observerede gråsæler har generelt været stigende i de seneste 20 år og gråsæler forekommer nu regelmæssigt på lokaliteter i Kattegat, Østersøen, den vestlige del af Limfjorden og i Vadehavet. I 2023 blev der på danske lokaliteter registreret op til 141 gråsæler i Kattegat i østersøpopulationens fældeperiode, 123 i nordsøpopulationens fældeperiode, 213 i Vadehavet og 1.456 i den danske del af Østersøen (Fig. 3.2.2.1).  

På hvilepladsen Rødsand ved Gedser er der siden 2003 næsten hvert år observeret et fåtal gråsælunger, og i de senere år er der også registreret enkelte unger på lokaliteter i Kattegat og i det danske Vadehav. Det stigende antal gråsæler i Danmark kan ikke forklares med de få gråsælunger, der fødes i danske farvande. Det må derfor skyldes en indvandring af gråsæler fra den centrale del af Østersøen, Storbritannien og Vadehavet i Holland og Tyskland. Årsagen til stigningen i antallet af gråsæler er muligvis, at sælerne har nået miljøets bæreevne i andre dele af deres udbredelsesområde i forbindelse med den store tilvækst, der har været i bestandene, efter at de har været drevet langt ned af jagt og miljøgifte indtil starten af dette årtusinde. Med de op til 15 fødsler, der er registreret i Danmark inden for et år, har bestanden af ynglende danske gråsæler været minimum 15 hunner, da hver hun højst får én unge om året. Gråsælen er historisk set den mest almindelige sælart i de indre danske farvande (Olsen m.fl. 2018), og det må forventes, at stigningen i antallet af besøgende og ynglende gråsæler fortsætter i de kommende år, da bærekapaciteten i danske farvande sandsynligvis langt fra er nået.