Toppet skallesluger forekommer i Danmark hele året, både som ynglende, trækkende, og overvintrende.

Den danske ynglebestand blev i sidste Artikel 12-afrapportering estimeret til godt 2.600 par og vurderet som faldende i antal, både på langt sigt (1980-2018) og på kort sigt (2007-2018) (Fredshavn m.fl. 2019b). I udkastet til den kommende Artikel 12-rapport er bestandsestimatet nedjusteret til knap 2.400 par og bestanden stadig vurderet som faldende (Fredshavn m.fl. 2025b).  Toppet skallesluger er vanskelig at optælle på ynglepladsen, og det vurderede antal ynglepar må betragtes som værende usikkert.    
Den danske midvinterbestand er i 2023 estimeret til 44.200 individer. Baseret på årlige optællinger ved midvinter i en række indeksområder (Fig. 3.2.8.1) betegnes bestanden som værende stigende, både på lang (1987-2023) og på kort (2012-2023) sigt. Bedømt ud fra de fem landsdækkende tællinger foretaget i perioden 2008-2023, synes bestanden dog at være forholdsvis stabil (Nielsen m.fl. 2024). Derudover er der forholdsvis store variationer i antallene (Fig. 3.2.8.1), hvilket kan skyldes, at arten er temmelig svær at optælle, både fra land og fra fly, da arten forekommer i mindre, spredte flokke, og at arten i højere grad end de fleste andre andefugle kan skifte opholdssted fra år til år.

Det formodes, at en stor del af de i Danmark overvintrende toppede skalleslugere trækker hertil fra nord og øst. Artens trækmønster er dårligt kendt, men genfund af ringmærkede fugle indikerer, at en stor del af de danske ynglefugle bliver i Danmark (Bønløkke m.fl. 2006). Toppet skallesluger er talrigest i danske farvande i november og sent på vinteren/tidligt på foråret, hvilket kan indikere et træk igennem Danmark. Det er beskrevet, at trækket kan gå til overvintringspladser i Storbritannien og Irland (Robinson 1999). Der er genmeldinger af dansk mærkede toppede skalleslugere fra Holland og England, og en engelsk mærket toppet skallesluger er genfundet i Danmark (Bønløkke m.fl. 2006).

Toppet skallesluger foretrækker beskyttede, lavvandede kyststrækninger. Sydfynske Øhav, Limfjorden, Smålandsfarvandet, Jyllands østkyst og Rødsand er alle vigtige områder for arten (Petersen & Nielsen 2011, Nielsen m.fl. 2024). Arten forekommer kun i yderst begrænset omfang i søer. 

Flywaybestanden af toppet skallesluger omfatter 100.000 til 160.000 individer (Wetlands International 2022), og beskrives som stabil på lang sigt (1975-2023) og i moderat fremgang på kort sigt (2014-2023) (Wetlands International 2025a), hvor udviklingen fra 1995 og frem ses i Fig. 3.2.8.1. 

Arten er senest vurderet ved jagttidsrevisionen for 2026