Toppet skallesluger forekommer i Danmark hele året, både som ynglefugl, i fældningstiden og som overvintrende. Den danske ynglebestand er estimeret til godt 2.600 par og beskrives som faldende i antal, både på lang sigt (1980-2018) og på kort sigt (2007-2018, Fredshavn m.fl. 2019a).
Flywaybestanden af toppet skallesluger omfatter 70.000 til 105.000 individer og beskrives som stabil for perioden 2009-2018 (Nagy & Langendoen 2018, 2020). Den danske vinterbestand er estimeret til 49.500 individer, og den bestand betegnes som værende stabil, betragtet over både et langt (1980-2018) og et kort (2009-2018) sigt. Der er imidlertid store variationer i antallene (Fig. 3.2.8.1A), hvilket kan skyldes, at arten er temmelig svær at optælle, både fra land og fra fly.
Det formodes, at en stor del af de i Danmark overvintrende toppet skallesluger trækker hertil fra nord og øst. Artens trækmønster er imidlertid dårligt kendt, og det er uvist, hvor stor en del af den danske ynglebestand der overvintrer i danske farvande. Toppet skallesluger er talrigest i danske farvande i november og sent på vinteren/tidligt på foråret, et mønster, der kan indikere et træk igennem Danmark. Det er beskrevet, at trækket kan gå til overvintringspladser i Storbritannien og Irland (Robinson 1999). Der er tilbagemeldinger af dansk mærkede toppet skallesluger fra Holland og England og tilbagemelding af en engelsk mærket toppet skallesluger i Danmark (Bønløkke m.fl. 2006).
Toppet skallesluger foretrækker beskyttede, lavvandede kyststrækninger. Det Sydfynske Øhav, Limfjorden, Smålandsfarvandet, Jyllands østkyst og Rødsand er alle vigtige områder for arten (Petersen & Nielsen 2011, Nielsen m.fl. 2019). Den forekommer kun i begrænset omfang i søer.
