Stor skallesluger forekommer i Danmark hele året, både som ynglende, trækkende, og overvintrende.

Den danske ynglebestand blev i seneste Artikel 12-rapport vurderet til 134 par, og ynglebestanden er stigende både i antal og geografisk udbredelse (Fredshavn m.fl. 2019b). Denne udvikling er fortsat og i udkastet til næste Artikel 12-rapport er bestanden opjusteret til 210 par (Fredshavn m.fl. 2025b).  

Uden for yngletiden optræder både gennemtrækkende og overvintrende fugle i Danmark, og midvinterbestanden er senest vurderet til at være på godt 14.400 overvintrende individer (Nielsen m.fl. 2024). På fire landsdækkende midvintertællinger i perioden 2013-2023 blev der registreret mellem 12.000 og 22.200 fugle. Den overvintrende bestand er faldende på lang sigt (1987-2023) og stabil på kort sigt (2012-2023) (Nielsen m.fl. 2024). Artens antal om vinteren i Danmark formodes dog i nogen grad at variere alt efter vinterens hårdhed.

Arten forekommer om vinteren både i søer, nor og på havet. De fleste store skalleslugere, der befinder sig på havet, opholder sig ved beskyttede kyststrækninger. Stor skallesluger forekommer hyppigst om vinteren i det sydlige og østlige Danmark samt i Limfjorden og de vestjyske fjorde. De overvintrende store skalleslugere stammer fortrinsvis fra yngleområder i Skandinavien og Rusland (Bønløkke m.fl. 2006). Klimaforandringer gør, at arten har flyttet sit overvintringsområde imod nordøst (Lehikoinen m.fl. 2013). For perioden 1980-2010 er der således registreret faldende antal overvintrende fugle i Holland, Tyskland, Danmark og det sydlige Sverige, og stærkt stigende antal nordligere i Sverige og i Finland.

Flywaybestanden af stor skallesluger omfatter 170.000-260.000 individer (Wetlands International 2022), og bestanden betegnes som værende moderat stigende på lang sigt (1971-2023), men moderat faldende på kort sigt (2014-2023) (Wetlands International 2025a). Denne udvikling har dog endnu ikke udløst en nedjustering i bestandsstørrelsen, der foreslås opretholdt i AEWA CSR9 (Wetlands International 2025b). 

Bestandsudviklingen både for den nationale og flywaybestanden er givet i fig. 3.2.9.1.

Arten er senest vurderet ved jagttidsrevisionen for 2026