Sortklire yngler i Nordskandinavien og det vestlige Rusland. Den overvintrer i Vest- og Sydeuropa samt i Vestafrika. I Danmark ankommer de første sortklirer på efterårstræk allerede i slutningen af juni. Trækket kulminerer i slutningen af juli, og de fleste af fuglene trækker hurtigt videre til vinterområderne. Arten er således kun kortvarigt i landet. Arten træffes i lavvandede søer og sumpede områder, ofte nær kyster. Flest fugle ses i Vadehavet.

Efterårsbestanden er vurderet til 60.000-120.000 individer og til at være ”sandsynligvis stabil” (Delany m.fl. 2009), eller måske svagt faldende.

Arten er senest vurderet ved jagttidsrevisionen for 2010