Stor skallesluger forekommer i Danmark hele året, både som ynglende, trækkende, og overvintrende. Den danske ynglebestand tæller 134 par, og ynglebestanden er stigende både i antal og geografisk udbredelse (Fredshavn m.fl. 2019a). Flywaybestanden af stor skallesluger omfatter 177.000-277.000 individer, og bestanden betegnes som værende stabil over perioden 2009-2018 (Nagy & Langendoen 2018, 2020).
Bestanden i Danmark uden for yngletiden består af hhv. trækkende og overvintrende fugle og anslås at være på godt 16.000 overvintrende individer (Nielsen m.fl. 2019). Arten forekommer om vinteren både i søer, nor og på havet. De fleste store skalleslugere, der befinder sig på havet, opholder sig ved beskyttede kyststrækninger, men arten forekommer også fåtalligt længere til havs. Stor skallesluger forekommer hyppigst om vinteren i det sydlige og østlige Danmark, i Isefjorden, Roskilde Fjord, Arresø, Limfjorden og de vestjyske fjorde. Overvintrende stor skallesluger stammer fortrinsvis fra yngleområder i Skandinavien og Rusland (Bønløkke m.fl. 2006). Klimaforandringer gør, at arten har flyttet sit overvintringsområde imod nordøst (Lehikoinen m.fl. 2013), hvor der for perioden 1980-2010 er registreret et faldende antal overvintrende fugle i Holland, Tyskland, Danmark og det sydlige Sverige og stærkt stigende andele nordligere i Sverige og i Finland. Vinterbestanden i Danmark beskrives som værende stabil, både over det lange (1980-2018) og det korte (2007-2018) tidsinterval (Fredshavn m.fl. 2019a, Fig. 3.2.7.1A). Sidstnævnte vurdering er i modstrid med resultaterne fra Lehikoinen m.fl. (2013).
